La modification Lost Vault apporte un nouvel emplacement au Commonwealth : l'Abri numéro 117, qui était à l'origine censé être une ville souterraine idéale avec une énorme quantité de technologie, mais qui n'a pas été achevé à temps.

Quelques années plus tard, les radiations ont commencé à s'infiltrer et la situation s'est sensiblement aggravée. L'auteur de la modification invite les joueurs à explorer les ruines et à comprendre ce qui s'est passé.