Naruto Gekitou Ninja Taisen 4 - l'intrigue et la composition du jeu couvrent les événements de la mission de restauration de Sasuke. Cependant, des libertés supplémentaires sont prises, comme Sound 4 tentant Sasuke de partir alors que Naruto et Sakura sont à proximité (incitant Naruto à essayer d'arrêter Sasuke plus tôt) et Itachi et Kisame se battent avec Sound 4 au préalable.