Le major Sergei Nechaev retourne à l'Entreprise 3826, où il se retrouve au centre de recherche sous-marine Neptune. Là, il rencontrera de nouveaux adversaires et débloquera de nouvelles armes - le marteau Thunderer et le fusil de chasse KZMI-4 Kuzmich, ainsi que des capacités de gants supplémentaires telles que les compétences Tan et Whip. Dans la tâche difficile de sauver le monde, le major P-3 sera aidé par l'un des jumeaux, et l'intrigue vous permettra de visiter des lieux du jeu principal - par exemple, dans la ville de Chelomei capturée par des robots.