Metal Gear Solid 3: Explosion furtive de Snake Eater-Adventure avec une vue à la première et à la troisième personne. Le serpent, contrôlé par le joueur, doit se frayer un chemin à travers le territoire ennemi. À la disposition du héros se trouve un arsenal impressionnant d'armes (d'un pistolet à un lance-grenades), cependant, l'accent principal dans le jeu est placé sur le secret et évitant les affrontements avec l'ennemi. En train de réaliser la mission, Snake trouve de nombreux articles utiles, y compris des capteurs de trafic et une boîte en carton «de marque» qui sert un sabre avec un abri.
Le joueur passe environ deux tiers du temps de jeu dans la forêt tropicale, où la compétence avec les adversaires est la clé pour réussir à éviter la végétation environnante (par exemple, le joueur peut gravir un arbre ou se cacher d'un Soldat ennemi dans l'herbe dense). De plus, un accent particulier est sur l'utilisation du camouflage. Le radar, utilisé dans les jeux précédents, a été remplacé par un simple capteur de mouvement et un système acoustique qui correspondent à la période temporaire du jeu.