God Eater 3 est la suite du jeu de rôle et d'action avec une vue à la troisième personne dans l'univers de God Eater. L'univers de ces jeux raconte la lutte brutale de l'humanité contre des monstres impitoyables dans un monde post-apocalyptique futuriste. Trois ans se sont écoulés depuis les événements de God Eater 2, et la Terre a finalement cessé de ressembler à un monde où vivaient autrefois les gens. Seuls les « God Eaters » pourront rétablir l’équilibre : ils devront à nouveau lutter contre une armée de monstres appelés « Arags », qui détruisent tout sur leur passage.